晴れ／ドライコンディション
　
　午前のセッションから２時間のインターバルを挟んで午後２時からは日本GPのスターティンググリッドを決定する公式予選が始まった。午前のフリー走行ではミハエル・シューマッハが2002年に自身の記録した予選レコードを上回るタイムを記録しており、鈴鹿での夢の１分20秒台のタイムが期待される公式予選となった。
　
　午後２時のセッション開始時点で気温24℃、路面温度31℃のドライコンディション。Q１（１次予選）では初の母国グランプリでQ２（２次予選）進出の期待がかかるSUPER AGURI F１チームの佐藤琢磨、山本左近の走りに注目が集まったが、山本は１回目のタイムアタックのヘアピンの進入でバランスを崩してスピン。この時、エンジンは無情にもストール。タイムを計測することなく予選終了を余儀なくされた。一方の佐藤は２回目のタイムアタックで1'33.666を記録し、ライバルのMF１の１台を上回るが、この時点でQ２進出が断たれる19番手タイム。Q１ではレッドブル・レーシングの２台、トーロ・ロッソのスコット・スピード、MF１のティアゴ・モンテイロ、そしてSUPER AGURI F１チームの２台が脱落した。
　
　そして注目のQ２（２次予選）では、前戦雨の中国GPで屈辱のQ１落ちを喫したトヨタが序盤にコースイン。ヤルノ・トゥルーリが1'30.204、ラルフ・シューマッハが1'30.299とこの時点で１－２体制を築く。セッションが中盤に差し掛かると、M.シューマッハがタイムアタックに臨み、各セクターで最速タイムを記録。鈴鹿での土曜日では新記録となる14万３千人が見守る中、1'28.954という驚異的なタイムで堂々トップに躍り出る。またチームメイトのフェリペ・マッサも1'29.830と１分20秒台に突入し、フェラーリが１－２体制を築く。
　
　この日本GPでは条件付きながらM.シューマッハとのタイトル決定戦に臨むルノーのフェルナンド・アロンソは、1'30.357を記録。セッション終盤、Q３進出が危ぶまれる昨年の日本GP覇者、キミ・ライッコネンが最後のタイムアタックへ。この時点で６番手以降のドライバーは全てコースイン。渾身のタイムアタックを行なうが、K.ライッコネン、ペドロ・デ・ラ・ロサのマクラーレン・メルセデスの２台がよもやの脱落となり、ロバート・クビサ（BMWザウバー）、マーク・ウェーバー（ウィリアムズ・コスワース）、ビタントニオ・リウッツィ（トーロ・ロッソ）、クリスチャン・アルバース（MF１トヨタ）の６台がQ３進出を断たれた。
　
　地元のブリヂストンタイヤとフェラーリ、トヨタが速さを見せる中、いよいよQ３（最終予選）を迎える。セッション開始に備え、ピットロード出口にはM.シューマッハ、F.マッサの２台のフェラーリが並び、ルノーの２台が続く形に。シグナルが変わり、各車がコースインすると、F.アロンソがF.マッサの背後にぴたりとつけて牽制する場面も見られたが、ここは一旦F.アロンソがF.マッサとの間隔を開ける形でペースを取り戻している。セッションは残り９分を切った時点で１回目のタイムアタックへ。これまで好調なJ.トゥルーリ(トヨタ)が1'30.916を記録するが、このタイムをM.シューマッハ、F.マッサのフェラーリ勢が上回る。
　
　残り３分を切ったところで各車は２回目のアタックへ。コースの西側を覆う雨雲はここで通り雨を降らすが、タイムアタックに影響するほどの雨量はない。暫定トップのM.シューマッハは、全ての区間で最速タイムを記録する1'29.711を記録するが、直後にチームメイトのF.マッサが1'29.599を記録して暫定トップに。そしてR.シューマッハが1'29.989で３番手、J.トゥルーリも1'30.039で４番手と続き、ブリヂストン勢がトップ４を独占した。F.アロンソ、ジャンカルロ・フィジケラのルノー勢は５、６番手で続き、HondaのJ.バトン、ルーベンス・バリチェッロが７、８番手、ニック・ハイドフェルド（BMWザウバー）、ニコ・ロズベルグ（ウィリアムズ・コスワース）のトップ10となった。